Although she wanted Tom to eat the cake ( which / that ) she made, it was eaten by John.
彼女は自分の作ったケーキをトムに食べて欲しかったが、ジョンに食べられてしまった。

この『 ジョンに食べられてしまった 』 と言う部分、これがちょっと気になるのでありまして。

何が気になるのかと言うと、食べられてしまったと言うのですから、has been eaten になるんじゃないのかなと。
だもんで、ちょっと調べてみることにしました。

そのケーキはジョンに食べられてしまったに関連した英語例文

私のケーキはジョンに食べられてしまった。
My cake was eaten by John.

うーん、やっぱり has been eaten ですよね。。。( ； ﾟｪﾟ)

そう、こう言う些細なことを気にしてはいけないんです。

とりあえず、日本語の例文の『 食べられてしまった 』を 『 食べられた 』 に変更しておきました。(　´艸｀)